La plateforme génomique de l’Institut Cochin (INSERM U1016 CNRS UMR8104 UMRS1016) recherche un candidat pour un CDD d’assistant ingénieur d’une durée de 12 mois minimum pour son activité séquençage haut débit (NGS). Ce CDD, à pourvoir immédiatement, est créé en prévision d’une possible mise en place d’un poste statutaire INSERM en 2020.
Missions :
La mission principale du candidat sera la prise en charge des opérations techniques nécessaire au traitement de projets de recherche basés sur le séquençage haut débit (NGS) principalement et éventuellement sur les puces à ADN. Ces projets sont réalisés dans le cadre des prestations de service fournies par la plateforme. Le candidat aura en charge les différentes étapes comprises entre la préparation des banques/cibles et le contrôle qualité des données obtenues. Il assurera le suivi du projet avec le client en lien avec les autres membres de la plateforme.
Le candidat aura également en charge une partie des taches communes (gestion des stocks, passage des commandes, …).
Activités

  • réaliser toutes les étapes nécessaires à la réalisation d’un projet NGS : validation des contrôles qualité des échantillons, préparation des banques et des matrices de séquençage, manipulation et entretien des automates de séquence de la plateforme (Miseq, Nextseq 500, S5XL), valider les contrôles qualité des données.
  • assurer le suivi du projet en interagissant avec le client et le bio informaticien de la plateforme en charge du projet. Consigner et mettre en forme les résultats suivant les procédures décrites (dans le cadre de la certification ISO9001 de la plate-forme).
  • éventuellement réaliser toutes les étapes nécessaires à la réalisation d’un projet puce : validation des contrôles qualité des échantillons, préparation des cibles, manipulation et entretien de la station Affymetrix GCS3000 de la plateforme, valider les contrôles qualité des données.
    Compétences
    Connaissances – Techniques de séquençage haut débit sur différents automates : Nextseq500, Miseq en priorité. – Techniques de biologie moléculaire, protocoles expérimentaux et outils nécessaires aux préparations des banques en NGS : contrôle qualité des échantillons (Bioanalyseur 2100), PCR en temps réel par exemple.
  • Connaissances des méthodes d’analyse de résultats de séquençage haut débit.
    Savoir-faire – Maîtriser les techniques de biologie moléculaire: purification des acides nucléiques, PCR, RT-PCR, PCR en temps réel, préparation de banques ADN et ARN pour le
    séquençage. – Savoir présenter ses résultats oralement et par écrit.
    Aptitudes – Organisation – Autonomie – Rigueur – Capacités de communication – Aptitudes à travailler en équipe – Disponibilité
    Profil souhaité : Bac +3, spécialité Génétique, Biologie Moléculaire avec expérience professionnelle souhaitée
    Contrainte : travail sur une plate-forme de service

Contact: pour obtenir des précisions sur cette offre et les coordonnées de la personne en charge de cette offre, envoyez un email à cathy.guilbot@estba.org , en précisant vos nom et prénom ainsi que le nom et l’année de la formation que vous avez suivie à l’ESTBA.